Pada saat sistem di-boot, BIOS membaca sector 0 (dikenal dengan nama MBR - Master Boot Record) dari disk pertama (atau floppy), lalu menjalankan program yang terdapat di dalamnya - biasanya merupakan suatu bootstrap loader. Program bootstrap kecil yang ditemukan tadi umumnya tidak memiliki disk driver sendiri dan menggunakan servis-servis dari BIOS. Hal itu berarti kernel Linux hanya dapat di-boot jika keseluruhan kernel terdapat di dalam 1024 silinder pertama.
Masalah ini dapat diatasi dengan mudah: pastikan bahwa kernel (atau mungkin file-file lain yang digunakan saat bootup, misalnya file map LILO) terdapat di dalam sebuah partisi yang keseluruhannya berada di dalam 1024 silinder pertama dari suatu disk yang dapat diakses oleh BIOS - ini dapat berarti disk pertama atau kedua.
Hal penting lainnya adalah boot loader dan BIOS harus memiliki kesesuaian mengenai geometri dari disk. Penggunaan option 'linear' bagi LILO mungkin akan membantu hal ini.